Les annexes hydrauliques, parfois appelées « boires » ou « bras mort », sont des zones humides en principe connectées au moins une partie de l’année à une rivière, et qui présentent un très grand intérêt notamment sur le plan halieutique. En effet, ce sont des zones de reproduction de la faune piscicole, en particulier le brochet, dont la reproduction est compliquée, car il affectionne les eaux lentes, peu profondes, présentant une végétation abondante. Au cours du XXème siècle ; les bras de rivière ont subi de profondes mutations, consécutives à l’extraction de granulats, notamment dans la Loire. De ce fait, le niveau des cours d’eau a baissé d’un mètre en moyenne, de deux mètres à Tours. Cette pratique est désormais interdite, mais le niveau de l’eau reste abaissé, si bien que de nombreuses annexes hydrauliques sont déconnectées de leur rivière. D’où la nécessité d’une restauration, qui permet d’augmenter la quantité de poissons en rétablissant des zones de reproduction adaptées (24 espèces de poissons y ont été recensées, mais aussi 21 espèces d’oiseaux, dont 11 liés aux milieux aquatiques ; et aussi le castor). Des plans de restauration ont été mis en œuvre depuis 1997 par la Fédération départementale de pêche. De 2009 à 2019, près de 1,5 millions d’euros ont été investis dans la restauration de 52 boires reliées à la Loire, à la Vienne, au Cher, à la Creuse. Il s’agit surtout de couper les arbres présents au milieu de l’annexe pour permettre aux plantes semi-aquatiques de se développer, et de recreuser la boire pour la rendre plus inondable au printemps. L’annexe hydraulique est normalement hors d’eau en été, mais les alevins ont rejoint la rivière avant. La pêche y est généralement interdite. Un problème est lié à la jussie, plante envahissante qui affectionne les eaux calmes des annexes hydrauliques, mais qui impacte négativement les végétaux qui sont de meilleurs supports de ponte, notamment pour le brochet.